equipe 1-2024

Responsables :

B. CHARPENTIER

X. MANIVAL

EQUIPE 1

RNA, RNP

Présentation

Notre équipe étudie la machinerie d’assemblage des particules ribonucléoprotéiques, notamment par des approches structure-fonction, et les mécanismes de maturation des ARNs.

L’équipe étudie également les mécanismes d’action d’enzymes modifiant les acides nucléiques de façon post-transcriptionnelle (épitranscriptomique) et les fonctions des ARN non codants et des complexes ARN-protéines, en situation normale ou pathologique comme le cancer, l’insuffisance cardiaque ou l’arthrite. Dans ces situations, les ARNs sont considérés à la fois pour leur contribution physiopathologique et comme biomarqueurs potentiels.

Les études sont effectuées à l’échelle moléculaire, en utilisant des approches de biologie moléculaire et cellulaire, de protéomique et transcriptomique, d’ingénierie des protéines et des ARN, de génétique moléculaire, de physico-chimie des interactions macromoléculaires, et d’exploration des macromolécules et des complexes ARN-protéines à l’échelle atomique (RMN, radiocristallographie, modélisation moléculaire).

Elle utilise comme modèles biologiques Sacchromyces cerevisiae et des cellules animales.

L’équipe bénéficie de la présence sur le site de l’UMS IBSLor et de l’accès à ses plateformes technologiques (Biophysique et biologie structurale (B2S) ; Cytométrie ; Epitranscriptomique et séquençage (EPIRNA-SEQ) ; Imagerie et Protéomique).

L’équipe est membre du GDR RNA (Groupement De Recherche 2083) “RNA as a tool and a target for medicinal chemistry and chemical biology”. Elle fait également parti du réseau ProteinLorraine qui regroupe une douzaine de laboratoires, affiliés à six pôles de l’Université de Lorraine.

Station Affymetrix

Culture cellulaire

épifluorescence

FPLC

Thèmes de recherche

L’assemblage de protéines sur des ARN non codants – Formation de RNP

L’activité fonctionnelle des ARN non codants (ARNnc) dépend de leur association avec des protéines pour former des complexes ARN-protéines stables appelés particules ribonucléoprotéiques (RNP). La composition protéique des RNP peut varier et être associée à des modulations fonctionnelles. Nos études portent sur 3 modèles de RNP : les petites particules nucléolaires (snoRNP) assemblées autour des petits ARN nucléolaires snoRNA, les lncRNP assemblées autour d’ARNnc de grande taille – les long non-coding RNAs ou lncRNAs, et la particule SRP (Signal Recognition Particle) assemblée autour de l’ARN 7S. Nous étudions la composition protéique de ces RNP, les mécanismes assurant le recrutement spécifique de ces protéines et faisant intervenir une machinerie d’assemblage dédiée, ainsi que les défauts d’assemblage de ces RNP conduisant à des pathologies.

Nous menons en particulier des études structure-fonction sur :

– la machinerie d’assemblage des snoRNP qui est composée du complexe R2TP qui est un co-chaperon de Hsp90, du module NUFIP/Rsa1p :ZNHIT3/Hit1p et de la protéine ZNHIT6/Bcd1p.

– le complexe SMN qui est essentiel à l’assemblage des petites particules nucléaires (snRNP) composant le spliceosome et à la biogenèse de la SRP, et ses liens fonctionnels avec la machinerie d’assemblage des snoRNP. Le complexe SMN est nécessaire à la survie cellulaire et un taux réduit de ce complexe chez l’homme conduit à une pathologie grave, l’Amyotrophie Spinale.

Nous étudions également les connections entre différentes voies d’assemblage en particulier le rôle de l’interaction entre RPAP3 – un des composants du complexe R2TP – et TRBP, un co-facteur de la RNase DICER qui intervient dans la maturation des microARN.

La maturation des ARN en réponse à des stress

Les ARNnc, comme les microARN et les snoRNA ou ceux des corps de Cajal (scaRNA) sont majoritairement issus de la maturation d’introns présents sur des précurseurs d’ARN messagers (ARNm) codant des protéines, mais aussi sur de nombreux précurseurs de longs ARNnc (lncRNA). Ces lncRNA comme les ARNm sont générés par des réactions d’épissage alternatif (EA) de leurs introns, processus hautement modulé selon le contexte physiologique. Ainsi, au cours de l’adaptation des cellules en réponse à différents stress et dans des situations pathologiques, nombre d’ARNnc présentent une dérégulation de leur expression et des variations du répertoire de leurs isoformes produites par EA. Dans le cadre d’une collaboration avec l’Institut de Cancérologie de Lorraine (ICL), nous étudions plus spécifiquement l’adaptation de ce transcriptome aux radiations ionisantes en conditions normales et dans la fibrose radio-induite. En intégrant la variable de radiosensibilité individuelle, le projet offre la possibilité de pouvoir définir une signature pronostique de fibrose radio-induite.

La fonction d'ARNnc

Le lncRNA ANRIL a été choisi comme paradigme pour étudier la fonction des lncRNA dans la régulation épigénétique. Nous effectuons la caractérisation des RNP formées avec ANRIL et recherchons les motifs ribonucléotidiques présents sur ANRIL et responsables du recrutement de facteurs de remodelage de la chromatine.

Par ailleurs, 40% des snoARN sont orphelins chez l’humain, comme par exemple les snoARN de la famille SNORD116 qui sont associés au syndrome de Prader-Willi. Nous recherchons les fonctions moléculaires de ces snoARN en nous appuyant sur la caractérisation des protéines et des ARN qui leur sont associés.

Membres de l'équipe

AIGUEPERSE Christelle

Ingénieure d’études, CNRS

Projets : stress et épissage alternatif

Biographie

Bureau : Biopôle
Contacts
AYADI Lilia
Photo
Ingénieure détudes, CNRS

Projets

Biographie

Bureau : Biopôle
Contacts
BEHM-ANSMANT Isabelle
 
Chargée de recherche, CNRS

Projets : Alternative splicing, stress and pathologies

Biographie :

PhD in Biochemistry and Molecular Biology, Université H. Poincaré, Nancy, France (2004) on RNA post-transcriptional modifications.
Post-doc (2004-2006) European Molecular Biology Laboratory, Heidelberg, Germany, Lab of Elisa Izaurralde on post-transcriptional regulation of gene expression (NMD, miRNA).
Post-doc (2006-2007) Max Planck Institute for Developmental Biology, Tuebingen, Germany, Lab of Elisa Izaurralde on post-transcriptional regulation of gene expression (NMD, miRNA).
CNRS researcher (2007-present).
Accreditation to supervise research (HDR, habilitation à diriger les recherches), Lorraine University (UL), Nancy, France (2016).
Bureau : Biopôle
Contacts
BRANLANT Christiane
Photo
Directrice de recherche émérite, CNRS

Projets

Biographie

Bureau : Biopôle
Contacts
CAPELLE Hélène
Assistante ingénieure, CNRS

Projets

Biographie

Bureau : Biopôle
Contacts
CHAGOT Marie-Eve
Photo
Ingénieure d’études, CNRS

Projets

Biographie

Bureau : Biopôle
Contacts
CHARPENTIER Bruno

Professeur, Université de Lorraine

Projets : RNP function and biogenesis

Biographie :

PhD in Biochemistry and Molecular Biology at Université H. Poincaré, Nancy, France (1994), in the laboratory of Christiane Branlant.

Post-doc (1994-97) at HHMI Brandeis University, USA, in the laboratory of Michael Rosbash.

Accreditation to supervise research (HDR, habilitation à diriger les recherches), Université H. Poincaré, Nancy, France (2005).

Professor of Molecular Biology at the Faculty of Sciences & Technologies, Université de Lorraine (UL).

Deputy Director of the Biology and Health Centre (pôle UL Biologie Médecine Santé, 2012-2022).

co-head of the team RNA-RNP (2008-present).

Deputy Director (2013-2023) and Head (2024-present) of the IMoPA laboratory.

Bureau : Biopôle

Contacts


 

 

 
CHARRON Christophe
Photo
Ingénieur de Recherche, CNRS

Projets

Biographie

Bureau : Biopôle
Contacts
FLAYAC Justine
Photo
Assistante Ingénieure, CNRS

Projets

Biographie

Bureau : Biopôle
Contacts
ISSA Amani
Photo
Chercheuse contractuelle

Projets

Biographie

Bureau : Biopôle
Contacts
LABIALLE Stéphane
Photo
Maître de Conférence, Université de Lorraine

Projets

Biographie

Bureau : Biopôle
Contacts
MAENNER Sylvain
Photo
Maître de Conférence, Université de Lorraine

Projets

Biographie

Bureau : Biopôle
Contacts
MANIVAL Xavier
Photo
Directeur de Recherche, CNRS

Projets

Biographie

Bureau : Biopôle
Contacts
MASSENET Séverine
Chargée de recherche, CNRS

Projets : Biogenesis of H/ACA RNP and Signal Recognition Particle 

Biographie :

PhD in Biochemistry and Molecular Biology, University of H. Poincaré, Nancy, France (1999) on RNA modifications.

Post-doc (2000-2002) HHMI Philadelphia, USA, lab of Gideon Dreyfuss, on the Survival of the SMN complex.

CNRS researcher (2002-present).

Accreditation to supervise research (HDR, Habilitation à diriger les recherches), Lorraine University, Nancy, France (2014).

Member of the administrative board of the SFBBM (French Society of Biochemistry and Molecular Biology) (2019-present).

Bureau : Biopôle
Contacts
RAORANE Kasturi
Photo
Doctorante

Projets

Biographie

Bureau : Biopôle
Contacts
REDERSTORFF Mathieu
Maître de Conférence, Université de Lorraine

Projets : Maturation, Assemblage et fonctions des RNPs

Responsable du Master 2 « RNAES »

Biographie :

2007 – 2010         Postdoc: Division of Genomics and RNomics, Innsbruck Medical University

                                Identification de nouveaux petits ARNs non codants.

2006                      Postdoc : INSERM, U 582, Institut de Myologie, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Paris, France

                               Analyse de la souris invalidée pour le gène de la Sélénoprotéine N.

2002 – 2006         PhD: CNRS, UPR 9002, IBMC, Strasbourg, France

Etude du rôle du sélénium et de la sélénoprotéine N dans les pathologies musculaires.

2001 – 2002         MSc: CNRS, UPR 9002, IBMC, Strasbourg, France

Construction d´outils pour la caractérisation fonctionnelle de la Sélénoprotéine N.

Bureau : Biopôle
Contacts
ROBERT Anne
Photo
Technicienne de Recherche, Université de Lorraine

Projets

Biographie

Bureau : Biopôle
Contacts
SANCHEZ Aymeric
Photo
Chercheur contractuel

Projets

Biographie

Bureau : Biopôle
Contacts
SARDINI Lucas
Photo
Doctorant

Projets

Biographie

Bureau : Biopôle
Contacts
THUILLIER Quentin
Photo
Asistant Ingénieur, Université de Lorraine

Projets

Biographie

Bureau : Biopôle
Contacts
VIRCIGLIO Camille
Photo
Doctorante

Projets

Biographie

Bureau : Biopôle
Contacts
VISVIKIS Athanase
Photo
Professeur, Université de Lorraine

Projets

Biographie

Bureau : Biopôle
Contacts

Financements